非淋菌性尿道炎是主要透過性接觸傳播的，進行不安全性行為(口交、陰道交或肛交)或共用性玩具時沒有正確處理(如使用前套上新的安全套或用後清洗乾淨)，都會因感染上述的病原體而引起。與非淋菌性尿道炎患者性交時，約30%至70%男性患者可通過性交傳染給女性，反之有25%至50%的女性可經性交傳染給男性。而患有非淋菌性尿道炎的孕婦通過產道感染新生兒。
非淋菌性尿道炎不一定經性接觸傳播，因為健康的人士，不論男女的身體和生殖器本身都帶有若干的細菌和微生物 (女性的陰道裡通常活躍著20多種細菌和微生物)，當中包括了衣原體、支原體和脲原體。正常情況下，這些細菌和微生物處於一個平衡的狀態，但在某些情況下如服用抗生素、免疫力下降等，這些細菌和微生物的比例會出現紊亂失調，從而導致感染。
非淋菌性尿道炎 (nongonococcal urethritis，NGU) 是男性常見的泌尿生殖道疾病，泛指除淋球菌以外的其他病原體感染而引起的尿道炎。非淋菌性尿道炎通常在不安全性接觸 (包括陰道交、肛交或口交期間的體液交流中傳播。
非淋菌性尿道炎通常由細菌感染引起，但亦可以由病毒或微生物引起。
研究指出，沙眼衣原體 ( chlamydia trachomatis， CT)、生殖支原體 ( Mycoplasma Genitalium，MG)、解脲脲原體(Ureaplasma Urealyticum，UU)和人型支原體 (Mycoplasma Hominis，MH)是非淋菌性尿道炎 最常 見 的 病 原 體。其 中，沙眼衣原體感 染 率 為 11% – 50%，生殖支原體 為 6% – 50%，解脲脲原體 為 11% – 26%，人型支原體 為 1% – 4.1%。其他非淋菌性尿道炎病原體還包括微小脲原體 (Ureaplasma Parvum，UP)、腺病毒 (Adenoviruses) 、陰道毛滴蟲(Trichomonas Vaginalis，TV) ，單 純 皰 疹 病 毒 (Herpes Simplex Virus， HSV) 、副流感嗜血桿菌 (Haemophilus Parainfluenzae) 等。
衣原體
衣原體感染 (又名披衣菌感染) 是導致非淋菌性尿道炎的最常見原因 (患者當中約50％被驗出有衣原體)。衣原體感染主要由名為沙眼衣原體的病原體引起。根據世界衛生組織 估計，每年約有 9 200 萬新發病例。衣原體是一種細菌，存活於患者的體液，包括精液和陰道分泌物等，同時存活於子宮頸的細胞內、尿道及直腸，有時亦存在於喉嚨和眼睛。衣原體很容易透過性接觸傳播，故所有性活躍人士，就算沒有多個性伴侶，如接觸到帶菌者的體液分泌，都有機會被衣原體感染或把細菌傳播。
衣原體可侵襲陰莖、陰道、子宮頸、子宮、肛門，沙眼衣原體也可感染覆蓋眼白（結膜）和咽喉的粘膜。不論男性或女性，感染後若不接受衣原體治療，可引起嚴重的性器官感染：
盤腔炎可導致女性不育。此外，感染衣原體會增加女性患上子宮頸癌及宮外孕的可能性。若孕婦有衣原體感染，可在分娩把衣原體傳染給嬰兒，新生嬰兒可能會得嚴重眼結膜炎及肺炎而引致永久性傷害。
感染衣原體，患者一般沒有明顯病徵，高達80%的女性和25%的男性感染衣原體後並無明顯症狀，即使染病亦不察覺和沒有接受治療，因此感染者往把衣原體傳染了性伴侶而不自知。然而，如果患者及早接受治療，衣原體並非不治之症，患者服用經由醫生處方的抗生素可以治愈。此外，每次性接觸時正確使用安全套，亦可以減低受衣原體感染的機會。
支原體
支原體是一種沒有細胞壁的細菌，比一般細菌微細，常寄居在人體的各個部位。支原體有200多種，大部份都無害，然而當中的肺炎支原體(Mycoplasma Pneumoniae)、生殖支原體、人型支原體、解脲支原體、微小脲原體(Ureaplasma Parvum)可導致嚴重的後果。生殖器支原體、人型支原體、解脲支原體及微小脲原體會經性接觸傳染，並引起泌尿生殖道感染或其他身體問題：
如孕婦感染支原體，有機會導致宮外孕、早產或流產，孕婦在懷孕或生產時，亦有機會把支原體感染嬰兒，使新生兒出現體重不足、肺炎或敗血症。
非淋菌性尿道炎的潛伏期一般7至21日。大約 20% ～ 50% 的男性非淋菌性尿道炎患者沒有明顯症狀。女性方面，則有大約70%非淋菌性尿道炎 患者沒有明顯症狀。
男性非淋菌性尿道炎、衣原體病徵：
女性非淋菌性尿道炎、衣原體病徵：
直腸感染到衣原體的情況較少見，但它可能會導致不適和出現異常分泌物。如眼睛受到感染，可引起疼痛、腫脹、發炎和出現分泌物(結膜炎)。在喉部感染是非常罕見，通常沒有徵狀。
如出現疑似症狀，應接受全面的性病檢測，以確定感染那種性病，並盡快接受合適的治療。
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感染非淋菌性尿道炎、衣原體，可以全無病徵或病徵不明顯，只有透過檢測，才能明確知道自己有否感染，以及感染了那種病原體，從而對症下藥。
非淋菌性尿道炎檢測和衣原體來測的方法有多種，當中DNA檢測的靈敏度和準確性更高，DNA檢測一般採用尿液樣本進行化驗。此外，還有細菌培養檢測，通常以採樣棉棒，在身體受影響的地方如宮頸、陰莖、咽喉或直腸揩擦取分泌物樣本進行化驗。整個過程只需幾秒，不會引起痛楚，間中可能出現不適。另外，亦會使用精液樣本來培養細菌。
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應在性交後多久進行非淋菌性尿道炎、衣原體檢測？
非淋菌性尿道炎、衣原體DNA檢測的空窗期大約為一天左右，只要你懷疑自己曾接觸或感染非淋菌性尿道炎，便應盡快進行檢查。
由於非淋菌性尿道炎，尢其是衣原體感染非常常見，且很多患者都沒有任何症狀，所以對於性活躍的人士，建議進行衣原體測試和其它性病檢測。
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需再接受測試以確定非淋菌性尿道炎、衣原體已痊癒？
你應在痊癒後兩星期再接受測試以確定非淋菌性尿道炎已徹底痊癒，原因如下：
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